À la fin du XIIIe siècle, l'empire mongol a ravagé des nations entières lors de sa campagne pour conquérir l'Orient. L'île de Tsushima est le dernier rempart protégeant l'archipel japonais d'une invasion de l'incroyable flotte mongole menée par un général rusé et impitoyable, Khotun Khan. Alors que la première vague de l'assaut mongol embrase l'île, le samouraï Jin Sakai, dernier survivant de son clan, prend les armes. Il est prêt à tout pour protéger son peuple et reconquérir sa terre, quel qu'en soit le prix. Jin doit s'affranchir des traditions qui ont fait de lui un guerrier pour emprunter une nouvelle voie, celle du Fantôme, et mener une guerre peu conventionnelle afin de libérer Tsushima.